:: จากอดีตถึงปัจจุบัน

สถานีทหารเรือกรุงเทพ(เดิม) เป็นหน่วยงานหนึ่งของกองทัพเรือ มีที่ตั้งหน่วยอยู่ภายในเขตพระราชนิเวศน์สถาน (ปัจจุบัน เป็นที่ตั้งของกองบังคับการกรมพลาธิการทหารเรือ) และได้รับการสถาปนาหน่วย เมื่อวันที่ ๒๓ กรกฎาคม พัทธศักราช ๒๔๗๕ ตามประกาศจัดระเบียบป้องกันราชอาณาจักร ลง ๓ กรกฎาคม พุทธศักราช ๒๔๗๕ โดยมี นาวาเอก พระประพินพนยุทธ์ (พิณ พลชาติ) เป็นผู้บังคับบัญชาคนแรก ในขณะนั้น มีการเรียกชื่อตำแหน่งว่า ผู้บังคับการสถานีทหารเรือกรุงเทพ และด้วยความจำเป็นของสถานการณ์บ้านเมืองในขณะนั้น มีการเปลี่ยนแผลงรูปการจัดหน่วยอยู่หลายครั้ง และได้มีการยุบหน่วยกำลังรบของ กองทัพเรือลงอย่างมาก รวมทั้งสถานีทหารเรือกรุงเทพด้วย แต่ด้วยทางราชการได้ตระหนักถึงความสำคัญของหน่วยงานบก ของกองทัพเรือ ดังนั้นสถานีทหารเรือกรุงเทพ จึงได้จัดตั้งขึ้นอีกครั้งหนึ่ง เมื่อ ๑ มกราคม พุทธศักราช ๒๕๐๑ และจนกระทั่งเมื่อวันที่ ๑๒ ตุลาคม พุทธศักราช ๒๕๓๘ ได้มีพระราชกฤษฎีกา แบ่ง ส่วนราชการและกำหนดหน้าที่ของส่วนราชการกองทัพเรือใหม่ โดยได้มีการเปลี่ยนแปลงชื่อหน่วยจาก สถานีทหารเรือกรุงเทพ เป็น ฐานทัพเรือกรุงเทพ ในปัจจุบัน

:: สถานที่ตั้ง

ฐานทัพเรือกรุงเทพ ในปัจจุบันตั้งอยู่ในบริเวณพื้นที่ พระราชวังนันทอุทยานซึ่งประวัติความเป็นมาสร้างขึ้นเมื่อสมัยพระบาทสมเด็จ พระปรเมนทรมหามงกุฏพระจอมเหล้าเจ้าอยู่หัว ต่อมาในปีพุทธศักราช ๒๔๘๗ กองทัพเรือได้ซื้อจากสำนักงานทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์ ในจำนวนเนื้อที่ ๑๙๕ ไร่ ๓ งาน เพื่อใช้เป็นที่ตั้งของกองพันทหารราบที่ ๔ กรมนาวิกโยธิน และกองพันต่อสู้อากาศยาน จนเมื่อพุทธศักราช ๒๔๙๔ หลังกรณีแมนฮัตตัน กรมทหารช่างที่ ๑ กองทัพบก ได้ย้ายเข้ามาอยู่ในวังนันทอุทยาน และเมื่อวันที่ ๑๖ กันยายน พุทธศักราช ๒๕๔๓ ได้มีพิธีส่งมอบพื้นที่วังนันทอุทยาน จากกองทัพบกให้กองทัพเรือ โดย กองทัพเรือได้กำหนดให้ ฐานทัพเรือกรุงเทพ เข้ามาใช้ประโยชน์ ในพื้นที่วังนันทอุทยานเป็นหน่วยแรก