ร.ล.จักรีนฤเบศร เป็นเรือขนาดใหญ่ ออกแบบไว้สำหรับเป็นเรือควบคุมบังคับบัญชา การปฏิบัติการทางเรือ และเป็นเรือช่วยเหลือผู้ประสบภัยในทะเล ฉะนั้น ภายในเรือจึงประกอบด้วยห้องควบคุมการปฏิบัติการทางเรือที่ทันสมัย ทั้งด้านการควบคุมเรือ อากาศยาน และกลจักร พร้อมทั้งมีโรงพยาบาลขนาด 15 เตียง มีอุปกรณ์สำหรับสนับสนุนภารกิจของเรือได้เป็นอย่างดี ทั้งห้องผ่าตัด ห้องทันตกรรม และห้องเอ็กซเรย์ โดยมีคณะแพทย์ที่มีความสามารถพร้อมปฏิบัติภารกิจได้ตลอด 24 ชม.

   โรงพยาบาล ร.ล.จักรีนฤเบศร มีหน้าที่
      > ให้การรักษาพยาบาลเบื้องต้น
      > ดูแลด้านการสุขาภิบาลหน่วยเรือ
      > ส่งกลับสายแพทย์ (กรณีฉุกเฉินหากเป็นอันตรายต่อผู้ป่วยจะทำการส่งโรงพยาบาลที่ใกล้ที่สุด)
      > ส่งกำลังบำรุงสายแพทย์ (เบิกยาและเวชภัณฑ์ที่ รพ.อาภากรเกียติวงศ์ฯ)       
      >ให้การช่วยเหลือด้านการแพทย์แก่กำลังพลของเรือและจัดกำลังพลช่วยเหลือหน่วยอื่นๆที่จัดขึ้นในกรณีพิเศษกรณีเรือเดิน กำลังพลในส่วนแพทย์จะประกอบด้วย
   นายแพทย์  มีหน้าที่ ควบคุม สั่งการ รับผิดชอบในการรักษาพยาบาลผู้บาดเจ็บ และตัดสินใจด้านการแพทย์
   ทันตแพทย์  มีหน้าที่ ช่วยเหลือผู้บาดเจ็บเกี่ยวกับทันตกรรม
   นายทหารพยาบาล  มีหน้าที่ ช่วยเหลือนายแพทย์ ติดต่อประสานงาน
   พันจ่าพยาบาล  มีหน้าที่ ติดต่อประสานงาน รายงานผู้บาดเจ็บ ประจำ ห้องพักผู้ป่วย และเป็นหัวหน้าสถานีปฐมพยาบาล และพยาบาลประจำห้องควบคุมดาดฟ้าบิน                     
   จ่าพยาบาล  มีหน้าที่ พยาบาลประจำห้องผ่าตัด ห้องตรวจโรค ห้องเอกซเรย์ ห้องปฐมพยาบาลท้ายเรือ เรือช่วยชีวิต และห้องควบคุมดาดฟ้าบิน

แนะนำห้องต่างๆ
ห้องตรวจรักษา
      ห้องตรวจรักษา เป็นห้องสำหรับนายแพทย์หรือนายทหารพยาบาล ที่ใช้ตรวจและวินิจฉัยโรคเบื้องต้น โดยมีอุปกรณ์ตรวจอาการในขั้นต้น เช่น เครื่องวัดความดัน เครื่องวัดจังหวะการเต้นของหัวใจ ตลอดจนเก็บยาและเวชภัณฑ์ต่างๆ และห้องนี้ก็เป็นสำนักงานธุรการของส่วนแพทย์อีกด้วย

ห้องตรวจรักษา

ห้องทันตกรรม
      ห้องทันตกรรมเป็นห้องสำหรับการตรวจรักษาด้านทันตกรรมให้กับกำลังพลของเรือ และนักบิน กรณีเรือออกปฏิบัติราชการทะเล

ห้องทันตกรรม

ห้องผ่าตัด
       ห้องผ่าตัดนับได้ว่าเป็นห้องที่มีความสำคัญเป็นอย่างมาก เพราะเป็นห้องที่ใช้ช่วยชีวิตกรณีฉุกเฉิน และรับผู้ป่วยด้านศัลยกรรมหรืออุบัติเหตุทุกชนิด ภายในห้องประกอบด้วยอุปกรณ์ช่วยชีวิตฉุกเฉิน เช่น เครื่องมือผ่าตัด เครื่องดมยา และเครื่องกระตุกหัวใจ

ห้องถ่าย X-Ray
      ห้องถ่าย X-Ray เป็นห้องสำหรับผู้ป่วยที่ต้องถ่ายภาพ X-Ray เพื่อช่วยในการวินิจฉัยผู้ป่วยที่ได้รับอุบัติเหตุ เช่น การตรวจสอบการหักของกระดูก

ห้องพักผู้ป่วย
      ห้องนี้มีไว้สำหรับรองรับผู้ป่วยที่จำเป็นหรือผู้ป่วยที่เข้าพักรักษา โดยห้องพีกผู้ป่วยสามารถรองรับผู้ป่วยด้วยโรคทั่วไป 12 เตียง ผู้ป่วยด้วยโรคติดต่อ 3 เตียง พร้อมอุปกรณ์อำนวยความสะดวกครบครัน