กองทัพเรือได้รับมอบหมายให้มีหน้าที่ในการรักษาเอกราชอธิปไตย  ความมั่นคงของชาติทางทะเลได้มุ่งเน้นถึงจุดยุทธศาสตร์
และความสำคัญของทะเลด้านอ่าวไทย และทะเลอันดามันซึ่งอุดมสมบูรณ์ไปด้วยทรัพยากร และสรรพสิ่งทางธรรมชาติอันมีค่าและ
ใช้เป็นเส้นทางคมนาคมแหล่งผลิตในด้านอุตสาหกรรมแหล่งท่องเที่ยวทางธรรมชาติ     อีกทั้งยังเป็นแหล่งในการดำเนินชีวิตของ
สรรพชีวิต        ดังนั้นองทัพเรือจึงตระหนักถึงความสำคัญของสิ่งต่างๆ เหล่านี้           จึงได้จัดตั้งกองเรือเฉพาะกิจภาคขึ้นเมื่อวันที่
25  ธันวาคม 2534 เพื่อควบคุมและคุ้มครองผลประโยชน์ของชาติทางทะเลดังกล่าว    นอกจากนั้นแล้วยังควบคุมหน่วยเฉพาะกิจ
ต่างๆ ของกองทัพเรือในพื้นที่รับผิดชอบโดยกำหนดให้
         กองเรือเฉพาะกิจภาคที่ 1   รับผิดชอบพื้นที่ด้านอ่าวไทยตอนบน
         กองเรือเฉพาะกิจภาคที่ 2   รับผิดชอบพื้นที่ด้านอ่าวไทยตอนล่าง
         กองเรือเฉพาะกิจภาคที่ 3   รับผิดชอบพื้นที่ชายฝั่งทะเลอันดามัน

	ต่อมาเมื่อ วันที่ 11 มีนามคม 2535 กระทรวงกลาโหม ได้อนุมัติอัตรากองเรือภาค ซึ่งประกอบด้วย         กองเรือภาคที่ 1  กองเรือภาคที่ 2 และกองเรือภาคที่ 3 และได้ยกเลิกกองเรือเฉพาะกิจภาคและจัดตั้งกองเรือภาคเข้าอัตราปกติ ประกอบด้วย กองเรือภาคที่ 1 กองเรือภาคที่ 2 รับผิดชอบด้านอ่าวไทย และ กองเรือภาคที่ 3  รับผิดชอบด้านทะเลอันดามัน รวมพื้นที่รับผิดชอบทั้งสิ้น 6 จังหวัด ดังนี้คือ ระนอง พังงา ภูเก็ต ตรัง กระบี่ และ จังหวัด สตูล
		ต่อมาเมื่อวันที่  27  มีนาคม  2552  ได้มีพระราชกฤษฎีกา แบ่งส่วนราชการกองกองทัพเรือ กองทัพไทย และกระทรวงกลาโหม ขึ้นใหม่อีกครั้้ง โดยในส่วนของ กองทัพเรือ ได้มีปรับปรุงโครงสร้างหน่วยใหม่ จัดทั้งเป็น " ทัพเรือภาคที่ 3 " ขึ้นแทน "กองเรือภาคที่ 3 กองเรือยุทธการ " มีหน้าที่รับผิดชอบด้านการป้องกันราชอาณาจักรและรักษาความมั่นคงรวมทั้ง ผลประโยชน์ของชาติทางทะเลในพื้นที่รับผิดชอบจากภัยคุกคามต่าง ๆ และ ดำเนินการเกี่ยวกับการฐานทัพ   การป้องกันพื้นที่   การสารวัตรทหาร ด้านกิจการพลเรือนและการควบคุมเรือพาณิชย์ตามที่กองทัพเรือมอบหมาย โดยมีผู้บัญชาการทัพเรือภาคที่  3 เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ เป็นต้นมา