พ.ศ. 2460 ได้มี การเปลี่ยนแปลงธงราชนาวีใหม่คือ เปลี่ยนจาก "ธงทหารเรือ" เป็น "ธงราชนาวี" มีลักษณะเหมือนธงไตรรงค์ แต่ตรงกลาง มีวงกลมสีแดง ภายในวงกลม มีรูปช้างเผือก ทรงเครื่องยืนแท่น หันหน้าเข้าหาเสา นับตั้งแต่ พ.ศ. 2460 เป็นต้นมา ได้มีการแก้ไขพระราชบัญญัติธงอีกหลายครั้งด้วยกัน แต่ธงราชนาวี ก็มิได้ มีการเปลี่ยนแปลง ยังคงใช้ อย่างเดิมนั่นเอง

ธงไชยเฉลิมพล หรือ ธงประจำกองทหารนี้ คงจะมีมาก่อน พ.ศ. 2435 สำหรับกองทัพเรือนั้น เมื่อคราวที่ส่งทหารมะรีนไปช่วยทหารบกปราบพวกฮ่อ สันนิษฐานว่าคงจะมีธงประจำกองทหารมะรีน เช่นเดียวกัน แต่ธงประจำกองทหารในสมัยนั้น ไม่เป็นแบบเดียวกัน เป็นต้นว่า ส่วนสัดไม่ถูกต้องตามแบบที่เขามีมา พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 จึงทรงพระกรุณา โปรดเกล้าฯ พระราชทาน ธงประจำกองทหารใหม่ ให้เป็นแบบธรรมเนียมเดียวกัน เมื่อวันที่ 24 กันยายน พ.ศ. 2435 กองทัพเรือ จึงได้รับพระราชทานธงไชยเฉลิมพลเป็นครั้งแรก ในวันนี้เช่นเดียวกันธงไชยเฉลิมพลที่ได้รับในครั้งนั้น จะมีลักษณะเช่นใด ไม่ปรากฏหลักฐาน คงจะมีลักษณะตามที่กำหนดไว้ในพระราชบัญญัติว่า แบบอย่างธงสยาม ร.ศ. 110 (พ.ศ. 2434) ข้อ 4 ความว่า “ธงไชยเฉลิมพล พื้นธงเป็นสีต่างๆ ตามแต่ทหาร จะเห็นสมควร แต่ที่มุมธงข้างบนมีแพรแดงเป็นรูปธงโตหนึ่งในหกส่วนของธงใหญ่ มีรูปช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น ที่พื้นธงนอกจาก ธงช้างที่มุมมีตราสำหรับกองทหารนั้น เป็นธงสำหรับใช้เมื่อมีการรับเสด็จ ในเวลาพระราชพิธีใหญ่ และสำหรับเกียรติยศตามซึ่งจะโปรดเกล้าฯ ให้รับ และเมื่อกองทหารจะไปปราบศัตรูก็ใช้ธงนี้ ไปในกองทัพด้วย”

พ.ศ. 2442 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ทรงพระกรุณา โปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติธงรัตนโกสินทร์ศก 118 ขึ้นใหม่ ยกเลิกพระราชบัญญัติว่าด้วย แบบอย่างธงสยาม ร.ศ. 110 ตามพระราชบัญญัติใหม่นี้ ไม่ปรากฏว่ามีธงไชยเฉลิมพล

พ.ศ. 2453 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติธงรัตนโกสินทร์ศก 129 ขึ้นใหม่ โดยเริ่มใช้ ตั้งแต่ วันที่ 1 เมษายน ร.ศ. 130 (2454) ในพระราชบัญญัตินี้ ได้กำหนดการใช้ธงฉานเพิ่มเติมว่า “เป็นธงประจำกอง สำหรับทหารเรือ ในเวลาขึ้นบก” ในปี พ.ศ. 2460 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าฯ โปรดให้ตราพระราชบัญญัติธงขึ้นใหม่ ธงฉาน จึงเปลี่ยนจากธงช้างมาเป็นแบบธงฉานในปัจจุบัน คือ มีลักษณะอย่างเดียวกับธงชาติ แต่ตรงกลางของผืนธง มีรูปจักรแปดแฉก แฉกของจักรเวียนไปทางซ้าย และมีสมอสอดวงจักรภายใต้พระมหามงกุฎ

พ.ศ. 2478 กองทัพเรือ ได้ประกอบพิธีกระทำสัตย์ปฏิญาณต่อธงไชยเฉลิมพล ที่สนามบริเวณ พระที่นั่งราชกิจวินิจฉัย ก็ได้ใช้ ธงฉานเป็น ธงไชยเฉลิมพล

พ.ศ. 2479 ได้มีการตราพระราชบัญญัติธงขึ้นใหม่ เรียกว่า พระราชบัญญัติธง พ.ศ. 2479 มาตรา 11 ได้กำหนด ธงประจำกองทหาร ไว้ 3 ชนิด คือ ธงประจำกองทหารบก ธงประจำกองทหารเรือ และ ธงประจำกองทหารอากาศ สำหรับ ธงประจำกองทหารเรือ มีลักษณะ เช่นเดียวกับธงฉาน และมีข้อกำหนด เพิ่มเติมว่า กองทหารเรือฝ่ายบก หรือ หน่วยทหารเรือ ที่ไม่มีธงประจำกอง ในเวลายกพลขึ้นบก เพื่อจะให้มี ธงประจำไปกับ กองทหารด้วยก็ได้ ใช้ธงฉานเป็นธงประจำกองทหารเรือ

สำหรับ ธงประจำกองทหารบกนั้น พระราชบัญญัตินี้ กำหนดว่า มีชื่อ อีกอย่างหนึ่งว่า “ธงไชยเฉลิมพล” ส่วนธงประจำกองทหารเรือ และธงประจำกองทหารอากาศไม่ได้กำหนด เรียกว่า “ธงไชยเฉลิมพล”เหมือนอย่าง ธงประจำกองทหารบก

ครั้นต่อมา เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน พ.ศ. 2479 หน่วยทหารบกทหารเรือก็ได้รับพระราชทาน ธงไชยเฉลิมพลใหม่ กองทัพเรือได้จัด “กองพันทหารเรือ” 2 กองพัน ในบังคับบัญชาของนายเรือเอก ทองหล่อ ขำหิรัญ เข้ารับพระราชทาน ธงประจำกองด้วย ธงประจำกองทหารเรือที่ได้รับพระราชทานนั้น ที่ยอดคันธง มีรูปช้างสามเศียร ธงประจำกองที่ได้รับพระราชทานมา 2 ธง จึงเป็นธงประจำกองพันนาวิกโยธินเพียงธงเดียว อีกธงหนึ่งที่เหลือคงจะใช้เป็น ธงประจำกองสำหรับหน่วยทหารเรือ อื่นๆ ในเวลา ที่ต้องการ ต่อมาจากนั้นอีกหลายปี จึงได้มีพิธีพระราชทานธงประจำกองทหารในกองทัพเรืออีก และรูปร่างลักษณะของธงนั้น ก็ยังคงเหมือนเดิม สำหรับในรัชกาลปัจจุบัน พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระราชทาน ธงไชยเฉลิมพล แก่หน่วยทหาร ต่างๆ ในกองทัพเรืออีกหลายครั้ง ด้วยกัน

สำหรับส่วนประกอบของธงมีดังนี้
1. ยอดคันธง เป็น รูปช้างสามเศียรภายใต้พระมหามงกุฎทำด้วยโลหะสีทอง
2. คันธง กว้างขนาดเส้นผ่าศูนย์กลาง 3.5 เซนติเมตร ยาว 2.43 เมตร
3.คันธงระหว่างฐานช้างสามเศียรกับมุมบนของธง มีแถบธงชาติเป็นโบหูกระต่ายห้อยชายทั้งสอง ยาวเลยมุมธงด้านล่างปลายชายแถบทั้งสองเป็นครุย
4. คันธงตอนที่ตรงกับธงมีสักหลาดสีแดง ต่อกับริมธงหุ้มรอบคันธง มีหมุดทำด้วยโลหะสีทอง 15 หมุด หมุดที่ 1 เป็นรูปประเทศไทย หมุดที่ 2 เป็นรูปเสมาธรรมจักร หมุดที่ 3 เป็นรูปพระปรมาภิไธยย่อ หมุดที่ 4 เป็นรูปรัฐธรรมนูญ หมุดต่อไป เป็นรูปเครื่องหมาย กองทหารเรือ หมุดที่ 10 อยู่บนสุด หมุดต่อไป เรียงลงมา ตามลำดับ

ธงฉานเริ่มมีใช้ครั้งแรกในสมัย พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ในสมัยนั้น ธงประจำเรือหลวง และธงประจำเรือค้าขายของราษฎร ใช้ธงชนิดเดียวกันคือธงพื้นแดง มีช้างเผือกอยู่ตรงกลาง ยากแก่การสังเกตว่าเรือใดเป็นเรือหลวง เรือใดเป็นเรือราษฎร์ ดังนั้นพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 จึงทรงบัญญัติให้ใช้ธงพื้นสีขาบ ตรงกลางมีรูปช้างเผือก (ตัวเปล่า) หันหน้าเข้าหาเสา ใช้ชักขึ้นที่หน้าเรือหลวง และเรียกธงนี้ว่า “ธงเกตุ”

พ.ศ. 2434 ธงเกตุเปลี่ยนจากรูปช้างเผือก (ตัวเปล่า) เป็นช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่นบนพื้นธงสีขาบหันหน้าเข้าหาเสา สำหรับใช้ชักที่หน้าเรือรบ และเป็นธงสำหรับหมายยศตำแหน่งแม่ทัพเรือด้วย คือ.-
ตำแหน่งที่นายพลเรือเอก ชักขึ้นที่เสาใหญ่
ตำแหน่งที่นายพลเรือโท ชักขึ้นที่เสาหน้า
ตำแหน่งที่นายพลเรือตรี ชักขึ้นที่เสาท้าย

พ.ศ. 2440 ธงเกตุ เปลี่ยนชื่อเป็น ธงฉาน มีลักษณะคงเดิม และ ปรับปรุง การใช้ใหม่ ดังนี้คือ.-
1. สำหรับชักขึ้นที่หน้าเรือหลวงทั้งปวง
2.ชักขึ้นบนเสาใหญ่ เป็นที่หมายว่าเรือนั้นอยู่ในความบังคับบัญชาของนายพลเรือเอก
3.ถ้าธงนี้มีจักรสีขาวอยู่มุมบนข้างหน้าช้าง ชักขึ้นบนเสาหน้าเป็นที่หมายว่าเรือนั้นอยู่ในความบังคับบัญชาของนายพลเรือโท
4.ถ้าธงนี้ มีจักรสีขาวอยู่ทั้งมุมบนและมุมล่างข้างหน้าช้าง ชักขึ้นบนเสาหลังหรือถ้าเป็นเรือสองเสา ชักขึ้นบนเสาหน้า เป็นที่หมายว่า เรือนั้นอยู่ในความบังคับบัญชาของนายพลเรือตรี

พ.ศ. 2453 ธงฉาน มีรูปลักษณะคงเดิม แต่เปลี่ยนแปลงการใช้ ดังนี้คือ.-
1. สำหรับใช้ชักที่เสาหน้าเรือหลวงทั้งปวง ซึ่งเป็นเรือพระที่นั่งหรือเรือรบในขณะที่อยู่ในราชการ
2. ถ้าชักขึ้นที่ปลายพรวนเสาหน้าเรือลำใด เป็นเครื่องหมายว่าเรือลำนั้นเป็นเรือยามประจำอ่าว
3. ใช้เป็นธงประจำกอง สำหรับกองทหารเรือในเวลาขึ้นบกด้วย

พ.ศ. 2460 ธงฉาน ได้เปลี่ยนจากพื้นสีขาบ มาเป็นธงชาติตรงกลางมีรูปสมอไขว้กับจักร และมีพระมหามงกุฎอยู่เบื้องบน รูปเหล่านั้นเป็นสีเหลืองสำหรับความหมายแห่งการใช้ยังคงอยู่ตามเดิม

พ.ศ. 2479 ได้มีการ ตราพระราชบัญญัติธงขึ้นใหม่ แต่ธงฉานคงมีลักษณะ และสัณฐานเช่นเดิม เพียงแต่ปรับปรุงการใช้ ขึ้นใหม่ ดังนี้คือ
1.สำหรับใช้ชักที่หน้าเรือรบ และเรือพระที่นั่งในระหว่างเวลาประจำการ
2.ถ้าชักขึ้นที่ปลายพรวนเสาหน้าของเรือลำใดเป็นเครื่องหมายว่าเรือลำนั้นเป็นเรือยามประจำอ่าว
3.ถ้าชักขึ้นที่เสาก๊าฟของเรือลำใด เป็นเครื่องหมายว่าในเรือลำนั้นเป็นที่ตั้งของศาลทหาร ซึ่งดำเนินการพิจารณาคดีอยู่

สำหรับกองทหารฝ่ายบกหรือหน่วยทหารเรือ ที่ไม่มีธงประจำกอง ในเวลายกพลขึ้นบก เพื่อจะให้มี ธงประจำ ไปกับ กองทหารด้วย ก็ให้ใช้ ธงฉาน เป็น ธงประจำกองทหารเรือ

หลังจาก พ.ศ. 2479 เป็นต้นมา ได้มีการตราพระราชบัญญัติธงขึ้นใหม่หลายครั้ง แต่สำหรับธงฉานนั้น ไม่ได้ มีการเปลี่ยนแปลง

จนกระทั่งใน พ.ศ. 2522 ได้มีประกาศใช้ พระราชบัญญัติธง ฉบับใหม่ ลักษณะ ธงฉาน ในมาตรา 19 กล่าวว่า ธงฉาน มีลักษณะเช่นเดียวกับ ธงชาติ แต่ตรงกลางของผืนธง มีรูปจักรแปดแฉก แฉกของจักร เวียนไปทางซ้าย และมีสมอสอดวงจักร ภายใต้พระมหามงกุฎ รูปเหล่านี้เป็นสีเหลือง ธงนี้เป็นธงที่ใช้ในเรือพระที่นั่ง และเรือหลวง หรือ เป็นธงสำหรับหน่วยทหารเรือที่ยกพลขึ้นบก ซึ่งหน่วยทหารนั้น ไม่ได้รับพระราชทาน ธงไชยเฉลิมพล

ธงเกตุ นอกจากจะใช้เป็นธง เพื่อแสดงให้รู้ว่าเรือลำใดเป็นเรือของหลวงแล้ว ยังนำมาใช้เป็นธงสำหรับหมายยศตำแหน่งแม่ทัพเรืออีกด้วย ซึ่งนำมาใช้ เป็นครั้งแรก เมื่อ พ.ศ. 2435 ลักษณะของธงเกตุ เป็นรูปช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น หันหน้าเข้าหาเสา ใช้เป็นธงหมายยศแม่ทัพเรือ มี 3 ชั้น ธงนี้ชักขึ้นตามลำดับเสา เพื่อแสดงยศของแม่ทัพเรือ ซึ่งอยู่ในเรือลำนั้น ดังนี้คือ
1. ตำแหน่งนายพลเรือเอก ชักขึ้นที่เสาใหญ่
2. ตำแหน่งนายพลเรือโท ชักขึ้นที่เสาหน้า
3. ตำแหน่งนายพลเรือตรี ชักขึ้นที่เสาท้าย

พ.ศ. 2440 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 โปรดให้เรียก ธงเกตุ ว่า ธงฉาน และยังคงนำมาใช้ ชักขึ้นแสดงยศเช่นเดิม สำหรับนายพลเรือเอกชักขึ้นบนเสาใหญ่ สำหรับนายพลเรือโท เพิ่มรูปจักรสีขาวที่มุมธงข้างหน้าช้างจักรหนึ่งชักขึ้นบนเสาหน้า นายพลเรือตรีเพิ่มจักรสีขาวข้างมุมบน มุมล่างหน้าช้าง 2 จักร ชักขึ้นบนเสาหลังหรือถ้าเป็นเรือสองเสาชักขึ้นบนเสาหน้า

ธงหางแซงแซว โปรดให้ใช้ครั้งแรก เมื่อ พ.ศ. 2440 เป็นธงที่แสดงยศนายพลเรือจัตวาเอาธงฉาน ตัดชายเป็นแฉกอย่างหางนกแซงแซว สำหรับชักขึ้นบนเสาใหญ่ เป็นที่หมายว่านายพลเรือจัตวา อยู่ในเรือนั้น ธงนี้ ใช้ต่อมา ถึงรัชกาลที่ 6

ต่อมาใน พ.ศ. 2453 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 โปรดให้สร้างธงหมายตำแหน่งยศขึ้น เหมือนกับธงฉาน ดังนี้คือ
ธงจอมพลเรือ เหมือนกับธงฉาน แต่ข้างหน้าช้าง มีรูปสมอไขว้ 2 ตัว กับ มหามงกุฎสีเหลือง ถ้าใช้ในเรือใหญ่ ใช้ชักขึ้นที่เสาใหญ่
ธงนายพลเรือ เหมือนกับธงฉาน เป็นเครื่องหมายยศตำแหน่ง ยศนายพลเรือเอก ใช้ชักขึ้นที่เสาใหญ่ ถ้าธงนี้มีรูปจักรสีขาวอยู่ที่มุมบนข้างหน้าช้าง เป็นธงหมายตำแหน่งยศนายพลเรือโท ถ้ามีรูปจักรสีขาวอยู่ทั้งมุมข้างบนและข้างล่าง หน้าช้าง 2 จักร เป็นธงหมายตำแหน่งยศนายพลเรือตรี ธงนายพลเรือโทนั้นถ้าใช้ในเรือ ให้ชักขึ้นที่เสาหน้า ส่วนนายพลเรือตรี ถ้าเป็นเรือ 3 เสาให้ชักขึ้น ที่เสาหลัง ถ้าเป็น 2 เสาให้ชักขึ้นที่เสาหน้า สำหรับธงนายพลเรือจัตวานั้น ยังคงมีลักษณะเช่นเดิม แต่ถ้าใช้ในเรือให้เปลี่ยนมาชักขึ้นที่เสาหลัง

พ.ศ. 2460 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 โปรดให้ ตราพระราชบัญญัติใหม่ แต่ธงแสดงยศ สำหรับ ทหารเรือ ยังคงรูปแบบเดิม ตามพระราชบัญญัติธง พ.ศ. 2453

พ.ศ. 2479 ตามพระราชบัญญัติธง ได้มีการแบ่งธงเครื่องหมายยศทหารเรือ ออกเป็น 4 ชั้น ดังนี้คือ
1. ธงจอมพลเรือ ธงเป็นรูปสี่เหลี่ยมจัตุรัสพื้นสีขาบมีรูปจักร 4 จักรสีขาว อยู่ที่มุมธงทั้งสี่มุม และ ที่ศูนย์กลางธง มีรูปสมอไขว้กับจักรภายใต้พระมหามงกุฎ รูปเหล่านี้ เป็นสีเหลือง
2. ธงนายพลเรือเอก รูปสี่เหลี่ยมจัตุรัสพื้นสีขาบมีรูปจักรสีขาว 3 จักร เรียงเป็นรูปสามเหลี่ยมด้านเท่า
3. ธงนายพลเรือโท รูปสี่เหลี่ยมจัตุรัส พื้นสีขาบมีรูปจักรสีขาว 2 จักร ที่กลางพื้นธงเรียงกันในแนวดิ่ง
4. ธงนายพลเรือตรี รูปสี่เหลี่ยมจัตุรัส พื้นสีขาบมีรูปจักรสีขาว 1 จักร ที่ศูนย์กลางธง
5.ส่วนธงนายพลเรือจัตวานั้น ได้ยกเลิกไป

พ.ศ. 2499 ตามพระราชบัญญัติธง ที่ได้ตราขึ้นใหม่นั้น แบ่งธงหมายยศ สำหรับนายทหารเรือ 5 ชั้นคือ
1. ธงจอมพลเรือ รูปสี่เหลี่ยมขนาดกว้าง 5 ส่วน ยาว 6 ส่วน พื้นสีขาบ ที่ศูนย์กลางธง มีรูปคทาไขว้ เหนือช่อชัยพฤกษ์ อยู่กลางกลุ่มจักร 5 จักร เรียงเป็นรูปห้าเหลี่ยมด้านเท่า รูปเหล่านี้สีขาว
2. ธงพลเรือเอก มีขนาด และ สีเหมือนธงจอมพลเรือ มีรูปจักรสีขาว 4 จักร เรียงเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า อยู่กลางผืนธง
3. ธงพลเรือโท มีรูปจักรสีขาว 3 จักร เรียงเป็น สามเหลี่ยมด้านเท่าอยู่กลางผืนธง
4. ธงพลเรือตรี มีรูปจักรสีขาว 2 จักร เรียงตามยาวอยู่กลางผืนธง
5. ธงพลเรือจัตวา มีรูปจักรสีขาว 2 จักร อยู่กลางผืนธง

พ.ศ. 2522 ได้มีการเปลี่ยนแปลงธงแสดงยศสำหรับทหารเรือขึ้นใหม่ ดังปรากฏในพระราชบัญญัติธง ดังนี้คือธงแสดงยศทหารเรือ มีลักษณะเป็น รูปสี่เหลี่ยมจัตุรัสพื้นธงสีขาบ มีรูปจักรสีขาว เป็นจักรแปดแฉก แฉกของจักรเวียนไปทางซ้าย มี 5 ชั้น คือ
1. ธงจอมพลเรือ มีรูปจักร 5 จักร อยู่ที่มุมธงทั้ง 4 มุม มุมละ 1 จักร และอยู่ตรงกลางผืนผ้าธงอีก 1 จักร
2. ธงพลเรือเอก มีรูปจักร 4 จักร อยู่ที่มุมธงทั้ง 4 มุม มุมละ 1 จักร
3. ธงพลเรือโท มีรูปจักร 3 จักร เรียงเป็น รูปสามเหลี่ยมด้านเท่า อยู่ตรงกลางของผืนธง ให้ด้านฐาน ของรูปสามเหลี่ยมด้านเท่า อยู่ด้านล่าง ขนานกับ ขอบล่างของผืนธง
4. ธงพลเรือตรี มีรูปจักร 2 จักร เรียงกันในแนวดิ่งอยู่ตรงกลางของผืนธง
5. ธงพลเรือจัตวา มีรูปจักร 1 จักร อยู่ตรงกลางของผืนธง

1. ธงผู้บัญชาการทหารเรือ
พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 โปรดให้สร้าง ธงเสนาบดีกระทรวงทหารเรือ ขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2440 โดยมีตำแหน่งเทียบเท่าผู้บัญชาการทหารเรือในปัจจุบัน ธงเสนาบดีกระทรวงทหารเรือ ลักษณะของธงเป็นพื้นสีขาบ ตรงกลางมีรูปสมอไขว้กับจักรสีเหลือง ข้างบนมีเครื่องหมายเป็นมหามงกุฎ ธงนี้เป็นเครื่องหมายสำหรับตัวเสนาบดี หรือรองเสนาบดีกระทรวงทหารเรือ เมื่อชักธงขึ้นบนเสาใหญ่ในเรือลำใดให้เข้าใจว่า เสนาบดีหรือรองเสนาบดีกระทรวงทหารเรือได้อยู่ในเรือลำนั้น แต่ถ้าพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวหรือพระอัครมเหสีหรือสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช ฯ สยามมกุฎราชกุมารก็ดีได้ประทับอยู่ในเรือหลวงลำหนึ่งลำใด อันได้ ชักธงมหาราชหรือธงราชินีหรือธงเยาวราช ให้เจ้าหน้าที่ในเรือรบ และในป้อมยิงสลุตตามพระราชประเพณี แต่ถ้ามีธงมหาราช ธงราชินี ธงเยาวราช ชักขึ้นไว้บนเสาใหญ่ ไม่มีธงเสนาบดีชักขึ้นบนเสาหน้า ห้ามยิงสลุตทุกหน้าที่

พ.ศ. 2454 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 โปรดให้ ใช้ธงนี้ เป็นเครื่องหมาย สำหรับตัวเสนาบดีกระทรวงทหารเรือชักขึ้นไว้ ณ ที่ทำการของเสนาบดีกระทรวงทหารเรือ และให้ใช้ชักขึ้นที่ยอดเสาใหญ่ในเรือ เป็นเครื่องหมายว่าเสนาบดีกระทรวงทหารเรือได้อยู่ในเรือลำนั้น และในเวลาที่ชักมหาราชใหญ่ ธงราชินีใหญ่ขึ้นที่เสาใหญ่เรือลำใด ให้ชักธงเสนาบดีขึ้นที่เสาหน้าของเรือลำนั้น ด้วยเสมอไป

พ.ศ. 2474 กระทรวงทหารเรือ ได้ลดฐานะมาเป็นกรมทหารเรือ ตำแหน่งผู้บังคับบัญชาสูงสุด ของทหารเรือ จึงเรียกว่า “ผู้บัญชาการทหารเรือ” ดังนั้น ใน พ.ศ. 2479 ได้มีการ ตราพระราชบัญญัติธง ขึ้นใหม่ เรียกว่า พระราชบัญญัติธง พ.ศ. 2479 ในพระราชบัญญัตินี้ ได้เรียก ธงเสนาบดีกระทรวงทหารเรือ ว่า ธงผู้บัญชาการทหารเรือ รูปลักษณะของธง ก็ยังเป็นไปเช่นเดิม และใช้มาจนกระทั่ง ทุกวันนี้

2. ธงผู้บัญชาการกองเรือยุทธการ
ธงผู้บัญชาการกองเรือยุทธการ มีใช้ครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2479 ในพระราชบัญญัติธง พ.ศ. 2479 ได้เรียก ธงผู้บัญชาการกองเรือยุทธการ ว่าธงผู้บังคับการกองเรือรบ ลักษณะของธงมีลักษณะและสัณฐาน อย่างเดียวกับ ธงผู้บัญชาการทหารเรือ แต่ปลายตัดเป็นแฉกหางนกแซงแซว ลึก 1 ใน 3 ของส่วนยาว

พ.ศ. 2522 ได้มีการตราพระราชบัญญัติธงขึ้นใหม่ เรียกธงผู้บังคับการกองเรือรบ ว่า ธงผู้บัญชาการกองเรือยุทธการ ลักษณะของธงมีลักษณะและสีอย่างเดียวกับธงผู้บัญชาการทหารเรือ แต่ตอนต้น 2 ใน 3 ส่วน ของความยาว มีรูปจักรแปดแฉก แฉกของจักรเวียนไปทางซ้าย และมีสมอสอดวงจักร ภายใต้พระมหามงกุฎอยู่ตรงกลาง และปลายธงตัดเป็นแฉก รูปหางนกแซงแซว ลึก 1 ใน 3 ส่วน ของความยาวของผืนธง

3. ธงผู้บังคับการเรือ
ธงผู้บังคับการเรือ มีใช้ครั้งแรก เมื่อ พ.ศ. 2434 ในพระราชบัญญัติธงรัตนโกสินทร์ศก 110 (พ.ศ. 2434) เรียก ธงผู้บังคับการเรือ ว่าธงหางจรเข้ ลักษณะของธงข้างต้นพื้นแดง กลางเป็นวงจักรสีขาว 4 ดวง ข้างปลายสีขาบยาว 30 ฟุต กว้าง 6 นิ้ว สำหรับใช้ในเรือรบทั้งหลาย เป็นที่หมายตำแหน่งผู้บังคับการ ดังนี้ ตำแหน่งที่นายเรือเอกมีจักร 4 ดวง ตำแหน่งที่นายเรือโทมีจักร 3 ดวง ตำแหน่งที่นายเรือตรี มีจักร 2 ดวง ตำแหน่งที่นายเรือจัตวา มีจักร 1 ดวง

พ.ศ. 2440 ได้มีการ ตราพระราชบัญญัติธงขึ้นใหม่ เรียกว่า พระราชบัญญัติธงรัตนโกสินทร์ศก 116 ยังใช้ธงหางจรเข้ เป็นธงผู้บังคับการเรือ ลักษณะธง ขนาดกว้าง ต้น 7 นิ้ว เรียวปลายแหลม ยาวสามวาส่วนหนึ่ง ข้างต้นพื้นสีแดงสองส่วนข้างปลายพื้นสีขาบ สำหรับชักขึ้นบนเสาเป็นที่หมายเฉพาะนายเรือ

พ.ศ. 2453 ได้มีการ ตราพระราชบัญญัติธง ขึ้นใหม่ เรียกว่า พระราชบัญญัติธงรัตนโกสินทร์ศก 129 ธงผู้บังคับการเรือ เรียกว่า ธงนายเรือลักษณะของธงเป็น รูปหางจรเข้ขนาดกว้าง ต้น 18 เซนติเมตร เรียวปลายแหลม ยาว 6 เมตร ส่วนข้างหนึ่งต้นพื้นสีแดง สองส่วนข้างปลายพื้นสีขาบ สำหรับชักขึ้นที่เสา เป็นที่หมาย เฉพาะนายเรือ

พ.ศ. 2479 ได้มีการ ตราพระราชบัญญัติธงขึ้นใหม่ ธงนายเรือ เปลี่ยนมาเรียกว่า ธงผู้บังคับการเรือ ลักษณะของธง เป็นรูปสามเหลี่ยมเรียว ปลายแหลมคล้ายหางจรเข้ ตอนต้นกว้าง ไม่เกิน 20 เซนติเมตร ยาว 30 เท่า ของส่วนกว้าง ตอนต้น 1 ใน 3 ของส่วนยาว เป็นพื้นสีแดง อีก 2 ใน 3 ของส่วนยาว ที่เหลือ เป็นพื้นสีขาบ

4. ธงผู้บังคับการกองเรือ
ธงผู้บังคับการกองเรือ มีใช้ครั้งแรก เมื่อ พ.ศ. 2483 ในพระราชบัญญัติธง พ.ศ. 2483 กล่าวถึง ลักษณะธงว่า มีลักษณะและสัณฐานเช่นเดียวกับ ธงผู้บังคับการกองเรือรบ แต่ตอนปลายที่ตัดเป็นแฉก รูปหางนกแซงแซว ลึก 1 ใน 3 ของส่วนยาวนั้น เป็นสีขาว ต่อมาใน พ.ศ. 2522 ได้มีการตราพระราชบัญญัติธงขึ้นใหม่ ลักษณะของธงผู้บังคับการกองเรือ มีลักษณะและสีอย่างเดียวกับ ธงผู้บัญชาการกองเรือยุทธการแต่ปลายธงที่เป็นแฉกรูปหางนกแซงแซวเป็นสีขาว

5. ธงผู้บังคับหมู่เรือ
ธงผู้บังคับหมู่เรือปรากฏหลักฐานครั้งแรก ในพระราชบัญญัติ พ.ศ. 2479 ว่า ธงมีลักษณะเป็นรูปสามเหลี่ยม เรียวปลายแหลม กว้าง 2 ส่วน ยาว 5 ส่วน ตอนต้น 2 ใน 5 ของส่วนยาว เป็นพื้นสีขาบและมีรูปสมอสีเหลือง 1 ตัว ตอนปลายที่เหลือ 3 ใน 5 ของส่วนยาว เป็นสีขาวและยังคงใช้มาจนทุกวันนี้

6. ธงผู้บังคับหมวดเรือ
ธงผู้บังคับหมวดเรือปรากฏหลักฐานครั้งแรก ในพระราชบัญญัติธง พ.ศ. 2479 ความว่า ธงเป็นรูปสามเหลี่ยม เรียวปลายแหลม ขนาดกว้าง 2 ส่วน ยาว 5 ส่วน พื้นสีขาบ มีรูปสมอ 1 ตัว อยู่ตรงกลางพื้นธง ในสมัยต่อมาจนกระทั่งทุกวันนี้ ธงผู้บังคับหมวดเรือก็ยังใช้รูปลักษณะเช่นเดิมอย

7. ธงหัวหน้าชั่วคราว
ธงหัวหน้าชั่วคราว มีใช้ครั้งแรก เมื่อ พ.ศ. 2440 ในพระราชบัญญัติธงรัตนโกสินทร์ศก 116 (พ.ศ. 2440) เรียกธงหัวหน้าชั่วคราว ว่า ธงผู้ใหญ่ ลักษณะของธงต้นกว้าง 14 นิ้ว ยาวศอกคืบ เรียวปลายแหลมส่วนหนึ่ง ข้างต้นพื้นสีขาบ ส่วนสองข้างปลายพื้นสีขาวมีจักรสีขาวอยู่กลางพื้นสีขาบ ธงนี้สำหรับใช้กับธงหางจรเข้ ถ้าเรือหลวงทอดอยู่นอกพระมหานคร ตั้งแต่สองลำขึ้นไป อันได้ชักธงหางจรเข้ขึ้นไว้บนเสาใหญ่ทุกลำ ถ้าเรือลำใดชักธงนี้ขึ้นด้วยบนเสาหลัง เป็นที่หมายว่านายเรือผู้ใหญ่อยู่ในเรือลำนั้น

พ.ศ. 2442 ได้มีการตราพระราชบัญญัติธงรัตนโกสินทร์ศก 118 แต่ธงหัวหน้าชั่วคราว ก็ยังคงเรียก ธงผู้ใหญ่อยู่เช่นเดิม

พ.ศ. 2453 ได้มีการตราพระราชบัญญัติธงขึ้นใหม่ เรียกว่า พระราชบัญญัติธงรัตนโกสินทร์ศก 129 ลักษณะของธงผู้ใหญ่ ต้นกว้าง 36 เซนติเมตร ยาว 75 เซนติเมตร เรียวปลายแหลม ส่วนหนึ่งข้างต้นพื้นสีขาบ สองส่วนข้างปลายพื้นสีขาวมีจักรสีขาวอยู่กลางพื้นสีขาบ ชักขึ้นบนเสาหลังของเรือลำใดเป็นเครื่องหมายว่า นายทหารผู้ใหญ่ในกระบวนเรืออยู่ในเรือลำนั้น เว้นแต่นายทหารผู้ใหญ่นั้น เป็นนายพล จึงให้ใช้ธงนายพลตามตำแหน่งยศ

พ.ศ. 2479 ได้มีการตราพระราชบัญญัติธงขึ้นใหม่ เรียก ธงผู้ใหญ่ว่าธงหัวหน้าชั่วคราว ลักษณะของธงมีลักษณะและสัณฐานเช่นเดียวกับ ธงผู้บังคับหมวดเรือ เว้นแต่พื้นสีขาวรูปที่กลางผืนธงนั้น เป็นรูปสมอสีขาบ 1 ตัว และได้ใช้มาจนกระทั่ง ทุกวันนี้

8. ธงผู้บัญชาการฐานทัพเรือ
ธงผู้บัญชาการฐานทัพเรือ ปรากฏหลักฐานครั้งแรกในพระราชบัญญัติ พ.ศ. 2522 ความว่า ธงผู้บัญชาการฐานทัพเรือ มีลักษณะและสีอย่างเดียวกับ ธงผู้บัญชาการกองเรือยุทธการ แต่ปลายธงที่เป็นแฉกรูปหางนกแซงแซวเป็นสีฟ้า

9. ธงผู้บังคับการสถานีทหารเรือ
ธงผู้บังคับการสถานีทหารเรือ ปรากฏหลักฐาน ครั้งแรก ในพระราชบัญญัติธง พ.ศ. 2479 ว่า ธงผู้บังคับการสถานีทหารเรือฝ่ายบก มีลักษณะและสัณฐานอย่างเดียวกับ ธงผู้บังคับการกองเรือรบ (กองเรือยุทธการ) แต่ตอนปลายที่ตัดเป็นแฉกรูปหางนกแซงแซว ลึก 1 ใน 3 ของส่วนยาวนั้น เป็นสีแดง ใน พ.ศ. 2483 ได้มีการตราพระราชบัญญัติธงแก้ไขขึ้นใหม่ เรียกธงผู้บังคับการสถานีทหารเรือฝ่ายบก ว่า ธงผู้บังคับการสถานีทหารเรือ แต่รูปลักษณะก็คงเช่นเดิม ไม่มีการเปลี่ยนแปลงมาจนทุกวันนี้

10. ธงผู้บัญชาการกรมนาวิกโยธิน
ปรากฏหลักฐานครั้งแรกในพระราชบัญญัติธง พ.ศ. 2522 มีลักษณะและสีอย่างเดียวกับ ธงผู้บัญชาการกองเรือยุทธการ แต่ปลายธงที่เป็นแฉกรูปหางนกแซงแซวเป็นสีเหลือง

11. ธงประจำกองทัพเรือ
ปรากฏหลักฐานครั้งแรกในพระราชบัญญัติ พ.ศ. 2522 ว่ามีลักษณะเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้ากว้าง 6 ส่วน ยาว 9 ส่วน พื้นธงสีขาบ ตรงกลางพื้นธงมีดวงกลมสีขาว ขนาดเส้นผ่าศูนย์กลาง ยาว 4 ใน 6 ส่วนของความกว้างของผืนธง ภายในดวงกลมมีรูปจักร 8 แฉก แฉกของจักร เวียนไปทางซ้าย และมีสมอสอดวงจักร ภายใต้พระมหามงกุฎ รูปเหล่านี้ เป็นสีเหลือง