กองอาวุธปล่อยนำวิถีเริ่มต้นเมื่อกองทัพเรือได้สั่งต่อเรือหลวงมกุฏราชกุมาร ที่ประเทศอังกฤษ พร้อมด้วยอาวุธปล่อยนำวิถีซีแคท กองทัพเรือจึงเริ่มต้นเข้าสู่ยุคของ อาวุธสมัยใหม่ นั่นคืออาวุธปล่อยนำวิถี พร้อมกันนี้กองทัพเรือได้จัดสร้างคลัง และอาคาร ทดสอบขึ้นเพื่อให้ดำเนินการดูแลรักษาตรวจสอบ และซ่อมบำรุงระบบอาวุธนี้โดยทั่วไปเป็นภารกิจโดยตรงของกรมสรรพาวุธทหารเรือสำหรับระบบอาวุธปล่อยนำวิถีนั้น กระทรวงกลาโหมได้อนุมัติให้จัดตั้งหน่วยงานสำหรับหรับผิดชอบงานด้านนี้ โดยเฉพาะขึ้น คือ แผนกจรวดนำวิถี และคลังจรวดนำวิถี 
กรมสรรพาวุธทหารเรือ ต่อมากองทัพเรือได้ จัดหาอาวุธปล่อยนำวิถี ที่ทันสมัยยิ่งขึ้นเพิ่มอีก ๒ แบบคือ อาวุธปล่อยนำวิถีเกเบียล และอาวุธปล่อนำวิถีเอ็กโซเซท ดังนั้น เพื่อให้เหมาะสมกับปริมาณงาน และขอบเขตความรับผิดชอบที่เพิ่มขึ้น กระทรวงกลาโหมจึงได้อนุมัติจัดตั้ง กองอาวุธปล่อยนำวิถี ขึ้นในปี พ.ศ.๒๕๒๘ ปัจจุบัน กองอาวุธปล่อยนำวิถีได้ขยายอัตราใหม่เพิ่มเติมเพื่อรองรับอาวุธใหม่ที่ได้ รับเพิ่มขึ้นอีก ๓ ประเภท เช่น อาวุธปล่อยนำวิถีฮาร์พูน อาวุธปล่อยนำวิถีเอสปิเด้ และอาวุธปล่อยนำวิถีใต้น้ำสติงเรย์ ซึ่งกระทรวงกลาโหมได้อนุมัติอัตราใหม่ใน ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๐