สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ ตั้งขึ้นตามพระราชกฤษฎีกาจัดระเบียบ ราชการกองทัพเรือ เมื่อวันที่ ๒ กุมภาพันธ์ ๒๔๙๘ มีหน้าที่ปฏิบัติงานธุรการของผู้บัญชาการทหารเรือ รองผู้บัญชาการทหารเรือ ผู้ช่วยบัญชาการทหารเรือ และตำแหน่งอื่นแล้วแต่ จะได้รับมอบหมาย อำนวยการและประสานงาน ประชาสัมพันธ์  ของกองทัพเรือ และดำเนินงานเกี่ยวกับสภากองทัพเรือ มีเลขานุ การกองทัพเรือเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

           กรมปลัดทัพเรือ มีปลัดทัพเรือหรือปลัดทลูฉลอง (เมื่อกองทัพเรือมีฐานะ เป็นกระทรวงทหารเรือ) เป็นผู้บังคับบัญชา มาจนถึง พ.ศ.๒๔๗๔ครั้น กระทรวงทหารเรือไปรวมอยู่กับ กระทรวงกลาโหม เมื่อ พ.ศ.๒๔๗๕ แล้ว กรมปลัดทัพเรือก็หายไปมีแต่ "กองบังคับการกองทัพเรือ" ขึ้นมาเป็นหน่วยทำหน้าที่แทนจนกระทั่งถึงปี พ.ศ.๒๔๙๖ ทางราชการได้รื้อพื้นของเดิมโดยตั้งเป็น "สำนักงานปลัดทัพเรือ" อีกครั้งหนึ่งไว้ในอัตรากำลังกองทัพเรือ และได้ใช้ตึกสร้างใหม่ตรง บก.รร.นายเรือเดิมเป็นที่ทำการ

 
          อนึ่ง หน่วยที่ทำงานคล้ายหรือเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับกองทัพเรือ คือ สภาบัญชาการทหารเรือ ตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ.๒๔๖๘  ซึ่งภายหลังเปลี่ยนมาเป็น "สภากองทัพเรือ" มีเลขานุการกองทัพเรือโดยตำแหน่ง สืบมาจนถึงปัจจุบันนี้

พ.ศ.๒๔๙๘  ได้มีการปรับปรุงหน้าที่ราชการกองทัพเรือใหม่ ตามพระราชกฤษฎีกา จัดวางระเบียบ ราชการกองทัพเรือใน กระทรวงกลาโหม พ.ศ.๒๔๙๘ วันที่ ๒ กุมภาพันธ์ ๒๔๙๘ และคำสั่งกองทัพเรือ (คำสั่งชี้แจง) ที่ ๔/๙๘ เรื่อง การจัดส่วนราชการ กองทัพเรือ พ.ศ.๒๔๙๘ ลงวันที่ ๒๐ เมษายน พ.ศ.๒๔๙๘ ขึ้น สำนักงานปลัดทัพเรือก็หายไปและขณะเดียวกันก็ให้กำเนิด สำนักงานเลขานุการขึ้นด้วย ดังนี้ 

        ส่วนบัญชาการ  คือ กองบัญชาการกองทัพเรือ ได้แก่  สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ  ตามคำสั่งกองทัพเรือ (คำสั่งชี้แจง) ที่ ๔/๙๘  เรื่อง การจัดส่วนราชการกองทัพเรือ พ.ศ.๒๔๙๘ มีใจความที่เกี่ยวข้อง กับสำนักงาน เลขานุการกองทัพเรือ

           ๑.๑ ส่วนบัญชาการ คือ กองบัญชาการกองทัพเรือ เป็นส่วนอำนวยการของ ทร.โดยยุบเลิกกรมเสนาธิการทหารเรือเดิม และแบ่งงานฝ่ายเสนาธิการไปรวมเป็นกองบัญชาการกองทัพเรือ เมื่อไม่มีกรมเสนาธิการทหารเรือแล้ว การบริหารงาน จึงเปลี่ยนไปเป็นบริหารงานโดยกองบัญชาการกองทัพเรือซึ่งมีกรมต่าง ๆ  ในส่วนบัญชาการเป็นเจ้าหน้าที่ช่วยปฏิบัติงาน
          ๑.๒  สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ คือ สำนักงานปลัดทัพเรือเดิม และโอนเจ้าหน้าที่การเงินจาก สธ.ทร. เดิม มารวมด้วย มีเลขานุการกองทัพเรือเป็นผู้บังคับบัญชา  ฯลฯ

          ในสมัยนั้น มีเลขานุการกองทัพเรือเป็นผู้บังคับบัญชา มีหน้าที่ดำเนินงานและประสานงานระหว่างสำนักงานกับหน่วยอื่น ๆดำเนินงานในด้านสภากองทัพเรือและกิจการที่มิได้เป็นหน้าที่ของส่วนราชการอื่นให้แก่ ผบ.ทร.   รอง ผบ.ทร.    ผช.ผบ.ทร.  และ เสธ.ทร. มีนายทหารประจำสำนักงานเป็นผู้ช่วยบริหารกิจการและรับผิดชอบดำเนินงานในด้านต่าง ๆ   คือ 

       ๑. ฝ่ายธุรการ  มีหน้าที่เกี่ยวกับธุรการ   การรับส่งหนังสือ  ร่างโต้ตอบ ย่อหนังสือเสนอ ผบ.ทร., รอง ผบ.ทร., ผช.ผบ.ทร. และ เสธ.ทร. จัดทำทำเนียบ เก็บรักษาหนังสือและเอกสารของทางราชการติดต่อในด้านธุรการกับส่วนราชการอื่น ๆ

       ๒. ฝ่ายพลาธิการ  มีหน้าที่เกี่ยวกับการพลาธิการ การจัดหาเบิกจ่ายเก็บรักษาพัสดุและยานพาหนะของสำนักงาน ฯ  กับมีหน้าที่ดูแลรักษาอาคารและทรัพย์สินอันเป็นสมบัติของสำนักงาน ให้อยู่ในสภาพที่ดีใช้ราชการได้เสมอ

      ๓. ฝ่ายการเงิน  มีหน้าที่เกี่ยวกับการเงินของกองบัญชาการกองทัพเรือ

      ๔. ฝ่ายสภากองทัพเรือ มีเลขานุการกองทัพเรือ เป็นเลขาธิการสภากองทัพเรือ มีหน้าที่จัดเตรียมระเบียบวาระ นัดหมาย บันทึกการประชุม และยืนยันมติของสภากองทัพเรือ

        ต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบราชการกองทัพเรือ พ.ศ.๒๔๙๙  พ.ศ.๒๕๐๐  อีก  แต่สำนักงานเลขานุการ กองทัพเรือ ไม่มีเปลี่ยนแปลง ครั้น พ.ศ.๒๕๐๑  มีพระราชกฤษฎีกา แบ่งส่วนราชการและกำหนดหน้าที่ของส่วนราชการกองทัพเรือ กระทรวงกลาโหม  ตราขึ้นเมื่อ วันที่ ๒๔ มีนาคม พ.ศ.๒๕๐๑  อีกฉบับหนึ่ง กำหนดหน้าที่และฐานะดังที่เป็นอยู่ในปัจจุบัน