ทัพเรือภาคที่ ๒ ดำเนินการบริหารการจัดเก็บและกำจัดขยะในพื้นที่ โดยมีจุดมุ่งหมายหลัก คือ ลดปริมาณขยะที่จะออกไปสู่สิ่งแวดล้อม และนำขยะมาใช้ให้เกิดประโยชน์สูงสุด โดยมีวิธีดำเนินการ จัดการขยะตั้งแต่ต้นทาง และนำแนวทางการจัดการขยะในรูปแบบ 1A3R เป็นกลยุทธ์ในการจัดการขยะมูลฝอยโดยการ งด - เลิก ลด ใช้ซ้ำ และหมุนเวียนกลับมาใหม่ โดยนำเอาการบริหารจัดการขยะตามแนวทางของนาวิกนคร ๔.๐ โมเดล มาใช้ในหน่วย คือ
A = Aviod เป็นการงดหรือเลิกการบริโภคที่เป็นอันตรายต่อผู้บริโภคโดยตรง การบริโภคที่เป็นอันตรายต่อผู้อื่นและต่อระบบนิเวศ โดยจะต้องงดหรือเลิกบริโภค
R1 = Reduce ลดการใช้ เป็นการแก้ปัญหาขยะตั้งแต่เริ่มต้น
R2 = Reuse การใช้ซ้ำ โดยการคัดแยกขยะในเบื้องต้นเพื่อนำกลับมาใช้ใหม่
R3 = Recycle การแปรรูปกลับมาใช้ใหม่ โดยหน่วยงานภาครัฐ/ภาคเอกชนที่มีศักยภาพ ในการ Recycle โดยการคัดแยกขยะนำไปจำหน่ายให้กับหน่วยงานภาครัฐ/ภาคเอกชนนั้นเพื่อให้เกิดรายได้
โดยมีการดำเนินการดังนี้
๑. จัดการรณรงค์ ปลูกจิตสำนึก ให้กำลังพลและครอบครัวคัดแยกขยะตั้งแต่ต้นทาง(ครัวเรือน สำนักงาน) โดยวิทยากรจากสำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 16 (สงขลา)
๒. ให้มีการคัดแยกขยะภายในหน่วยตั้งแต่ต้นทาง และพิจารณาจัดหาถังขยะ ๔ ประเภท (เขียว,น้ำเงิน,เหลือง,แดง) ไว้บริเวณบ้านพักอาศัย พร้อมทั้งกำหนดจุดทิ้งขยะไว้ประจำสถานที่ทำงานของหน่วย เพื่อให้หน่วยต่าง ๆ ในพื้นที่ มีการจัดการขยะเพื่อความเป็นระเบียบเรียบร้อย ให้มีการคัดแยกขยะ แล้วนำไปทิ้งตามจุดทิ้งขยะที่กำหนด
๓. "เก็บ ขาย ได้ตังค์" ลดมลพิษสิ่งแวดล้อม ธนาคารขยะ ทัพเรือภาคที่ ๒ โดยจัดตั้งธนาคารขยะ ณ กองรักษาความปลอดภัย ฐานทัพเรือสงขลา ทัพเรือภาคที่ ๒ รับซื้อขยะรีไซเคิล โดยให้หน่วยขึ้นตรงทัพเรือภาคที่ ๒ ข้าราชการที่อาศัยอยู่ในอาคารพักอาศัย และหมวดเรือเฉพาะกิจทัพเรือภาคที่ ๒ นำขยะรีไซเคิล ไปจำหน่ายกับ ธนาคารขยะ
๔. ให้หน่วยต่าง ๆ ที่มีการประกอบเลี้ยง และหัวหน้าอาคารพักอาศัย พิจารณาจัดทำถังหมักสำหรับขยะเปียก ขยะอินทรีย์เพื่อใช้ในการทำปุ๋ยหมักไว้ใช้ประโยชน์ภายในหน่วย หรือจำหน่ายเพื่อเป็นรายได้เสริมของหน่วยต่อไป
จากผลการดำเนินงานของโครงการ พื้นที่ทัพเรือภาคที่ ๒ เป็นพื้นที่สะอาด ปราศจากขยะ "คนทิ้งรู้ถังทิ้ง คนเก็บได้ตังค์ พื้นที่สะอาดตา" ทำให้พื้นที่ทัพเรือภาคที่ ๒ มีระบบการดำเนินการจัดเก็บขยะที่มีคุณภาพ และกำลังพลทุกนายเข้าใจหลักการแยกขยะก่อนทิ้งเป็นอย่างดี